Sustav upravljanja i kontrole strukturnih fondova organiziran je na način da svaki operativni program ima svoje Upravljačko tijelo (UT):
- Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova Europske unije za Operativni program Konkurentnost i kohezija te
- Ministarstvo rada i mirovinskoga sustava za Operativni program Učinkoviti ljudski potencijali.
Upravljačka tijela su zadužena za pripremu operativnih programa iz svoje nadležnosti, pratećih financijskih planova, provedbu, praćenje, izmjene i/ili dopune istih te o njihovoj provedbi izvješćuju Europsku komisiju.
Donose pravilnike kojima se propisuju zahtjevi i uvjeti za prihvatljivost izdataka; smjernice kojima se utvrđuju uvjeti za: pripremu i provedbu projekata, odabir i ugovaranje projekata, prognoziranje, praćenje i provjeru projekata, plaćanja, ovjeravanja, povrate i upravljanje nepravilnostima, provođenje revizija, provođenje vrednovanja i zatvaranje programa te smjernice o provođenju aktivnosti informiranja i vidljivosti.
Uz Upravljačka tijela najvažnija tijela iz perspektive korisnika su tzv. Posrednička tijela koja su, po odobrenju projekta, najčešće stranke ugovora o dodjeli bespovratnih sredstava (uz participaciju prijavitelja).
Razlikuju se dvije vrste Posredničkih tijela:
- Posrednička tijela razine 1 (PT1);
- Posredničko tijelo razine 2 (PT2).
Posrednička tijela razine 1 su ministarstva koja, u odnosu na prioritetne osi iz svojeg resora, sudjeluju u procesu izrade dijelova operativnoga programa, izrađuju upute za prijavitelje, izrađuju kriterije za odabir projekata i sudjeluju u evaluaciji projekata, sudjeluju u praćenju napretka provedbe projekata, odobravaju zahtjeve za isplatu sredstava korisnicima i dr.
Posrednička tijela razine 2 su državna tijela koja, u odnosu na prioritetne osi iz svoje nadležnosti, sudjeluju u planiranju proračuna, izradi uputa za prijavitelje, evaluaciji projekata, upoznaju korisnike s njihovim pravima i obvezama, prate napredak u provedbi projekata, odobravaju korisnikove zahtjeve za nadoknadom sredstava, sastavljaju zahtjeve za isplatu sredstava, provjeravaju provodi li korisnik mjere informiranja i komunikacije na razini projekta i dr.
Institucionalni okvir s navedenim popisom uključenih tijela uređuje se zakonom i uredbama.